Il Settore n. 2 "PROGRAMMAZIONE, PROGETTI STRATEGICI, PROGRAMMI, DEI PROGETTI DI SISTEMA E SPECIALI” si occupa di Programmazione, Coordinamento strategie territoriali – Aree interne, Coordinamento Strategie territoriali – Aree metropolitane ed urbane, Coordinamento dei Progetti di Sistema e Speciali, Supporto Attuazione dei Progetti di Sistema e Speciali e verifica avanzamento.